本校成立於民國前一年，校址為北平西郊的清華園，最初名稱為「清華學堂」。

民國三年冬天，梁啟超先生來校演講，引述易經中「天行健君子以自強不息，地勢坤君子以厚德載物」勉勵同學以君子自期，自此以後「自強不息，厚德載物」便成為清華的校訓。

民國十七年，本校校名正式定為國立清華大學。對日抗戰爆發後，遷校昆明，與北京大學、南開大學合組為西南聯合大學，勝利後復員北平。民國四十五年在梅貽琦校長主持下又在台灣新竹建校。

本校畢業校友活躍各界，尤其在學術界，前後共有三位諾貝爾獎得主及一位數學伍爾夫獎得主為清華校友，足見清華光榮的歷史傳統與優良的學風。

清華大學復校初期重點為原子科學，其後則擴展至理工方面，近十幾年來更積極發展人文社會、生命科學、電機資訊與科技管理；漸漸地，清華已成為一文、理、工均衡發展的學府。

民國105年11月1日起，國立清華大學與國立新竹教育大學合併為「國立清華大學」。原「國立新竹教育大學附設實驗國民小學」同時更名為「國立清華大學附設實驗國民小學」。